Postdoc position
posted on February 23, 2024
Postdoc position: Apprentissage de systèmes dynamiques pour les neurosciences (12mois)
Application deadline: April 1st, 2024
Start date: May-June, 2024
Le groupe de recherche Neuro du département d’Automatique et Robotique, Institut FEMTO-ST à Besançon, recherche un.e chercheur.se postdoctorant.e dans le domaine de l’apprentissage de systèmes dynamiques et des réseaux de neurones physiquement informés (PINNs), pour application à la recherche en neuroscience.
Le contrat est financé initialement pour une période de 12 mois, grâce à un contrat de la Région Bourgogne Franche-Comté (Project ASPECT, automatique des systèmes perceptifs, 2022-2025).
La science
La mission principale de la personne recrutée sera de développer des modèles permettant de modéliser la dynamique de l’activité neurophysiologique de patients en état de coma, dans le but d’établir des biomarqueurs physiques de la probabilité de réveil.
Cette mission se base sur un dataset déjà disponible, collecté en collaboration avec le GHU Paris Psychiatrie et Neurosciences (Paris, France) et comprenant plusieurs centaines de patients coma, associant données EEG resting-state au 4 jour après le début du coma, et données cliniques sur le devenir neurologique au réveil (Hermann et al., 2024). La prédiction de l’état au réveil après coma a fait récemment l’objet d’une intense activité en apprentissage machine (ex. Zubler & Tsovara, 2023), mais les méthodes existantes n’ont pas encore exploré la caractérisation du système comme système dynamique, ni l’utilisation de tels paramètres physiques comme biomarqueurs.
Scientifiquement, les méthodes explorées pourront faire appel à l’état de l’art récent en régression symbolique (ex. SINDy, Sparse Identification of Nonlinear Dynamics; Brunton et al.), Neural ODE (Chen et al. NeurIPS 2018) ou les réseaux de neurones récurrents (Durstewitz et al. 2023).
Activités
Les activités de la personne recrutée seront:
- une activité de recherche en apprentissage machine appliquée à des données neurologiques, incluant le développement de modèles en Python, l’évaluation de leur performances sur les données, l’analyse du pouvoir prédictif des paramètres du modèle
- une activité de publication et dissémination des résultats scientifiques, sous la forme d’article de revue internationale et la participation à des conférence
- une activité de mentoring scientifique des plus jeunes chercheurs de l’équipe (actuellement 4 doctorants sur des sujets connexes)
- la participation à la vie scientifique de l’institut (ex. séminaires)
Compétences
Les compétences attendues sont celles d’un.e chercheur/se de haut-niveau dans le domaine de l’apprentissage de systèmes dynamiques, des réseaux de neurones physiquement informés (PINNs) ou de l’identification de systèmes dynamiques en automatique:
- une bonne connaissance académique du domaine, attestée par une thèse de doctorat en machine-learning, automatique, physique ou biologie/neurosciences computationnelle
- de bonnes compétences de programmation en python, de développement et d’évaluation de modèles d’apprentissage machine, attestées par exemple par une activité de partage de code sur github/lab ou d’autres indicateurs équivalents
- de bonnes compétences de communication scientifique et de rédaction d’article, attestée par une activité de publication en revue internationales
- une appétence pour la modélisation de données biologique et neuroscientifiques en particulier
L’environnement
Avec près de 750 chercheurs/ses, l’institut FEMTO-ST est l’un des plus gros laboratoires CNRS de sciences de l’ingénierie de France. Il est situé à Besançon, une capitale régionale à taille humaine, régulièrement évaluée dans les premières de France pour sa qualité de vie et sa vie étudiante.
Le groupe de recherche Neuro du département d’Automatique et Robotique, Institut FEMTO-ST à Besançon, est un groupe de recherche interdisciplinaire à l’interaction de l’automatique, des systèmes dynamiques et des neurosciences cognitives. Il est animé par le JJ Aucouturier (Directeur de recherche CNRS), et comprend actuellement 2 permanents, 2 postdoctorants et 4 doctorants.
Le/la postdoctorant.e sera co-encadrée à FEMTO-ST par le Dr JJ Aucouturier et Dr Noura Dridi, et interagira avec le docteur Sarah Benghanem, réanimatrice/intensiviste au GHU Paris Psychiatrie et Neurosciences à Paris.
Candidatures:
Les candidatures doivent être déposées sur le portail emploi du CNRS, à ce lien: https://emploi.cnrs.fr//Offres/CDD/UMR6174-JEAAUC-009/Default.aspx. (portail ouvert à partir du lundi 11 Mars).
Les candidatures doivent comporter:
- un CV académique
- une lettre de motivation, décrivant en quoi les expériences passées sont en relation avec le paragraphe Compétences ci-dessus.
- le nom de 2 ou 3 personnes pouvant fournir une lettre de recommendation si besoin.
Date limite de candidature: 1er Avril 2024
Entretiens: Avril-Mai 2024
Début du contrat souhaité: Mai-Juin 2024 (12mois, temps-plein, présentiel à Besançon)
Pour plus d’information (mais pas pour la candidature, qui doit se faire ici, contacter:
Jean-Julien Aucouturier (aucouturier@gmail.com) and Noura Dridi (noura.dridi@ens2m.fr)